En 1889, le chemin de fer à crémaillère le plus raide du monde fut mis en service, reliant Alpnachstad au sommet du Pilate. Un an plus tard l'hôtel Pilatus-Kulm ouvrait ses portes. L'hôtel du Klimsenhorn et sa chapelle restèrent cependant juqu'à la moitié du siècle passé un but d'excursion très apprécié.

En 1967 la Pilatus-Bahn-Gesellschaft acquit l'hôtel Klimsenhorn avec les dépendances et la chapelle. En mauvais état, l'hôtel et les annexes furent alors démolis tandis que la chapelle, point marquant du paysage et visible de très loin,  put être conservée quoique privée de sa fonction d'édifice religieux. Au cours des années, l'intérieur de la chapelle fut l'objet de dégradations et de vandalisme et servit tout juste de refuge aux randonneurs. 

En 1971 la commission Chapelle Klimserhorn fut fondée sous l'égide de la Pilatus-Bahn-Gesellschaft. En faisaient partie tous les cercles intéressés, tels que: le conservatoire des monuments historiques, la commission de la protection du patrimoine, le conseil paroissial et la paroisse de Hergiswil, la commune de Hergiswil, la corporation de Hergiswil, l'association «Pro Pilatus» et les Amis des Alpes Pilatus Hergiswil. La commission estima que la chapelle devait être sauvée, se ralliant surtout au suffrage du très connu chef des monuments historiques de la Suisse d'origine, Alois Hediger, qui déclarait  urgent et judicieux la sauvegarde et la remise en état de la chapelle du Klimsenhorn.

A l'été 1974 – une fois le financement assuré – débuta la restauration de la chapelle. L'arrivée précoce de l'hiver interrompit toutefois les travaux qui ne purent être achevés qu'en été 1975. Coût des travaux: Fr. 180'000.–.

Afin d'assurer l'existence et le bon état de la chapelle, une "Fondation Chapelle Klimsenhorn", avec siège à Hergiswil, vit le jour en 1975. Le but de la fondation est le maintien de la chapelle historique sur le Klimsensattel et d'y rendre possible les services religieux.

Le dimanche 7 Septembre 1975 la chapelle rénovée du Klimsensattel fut de nouveau bénie et remise à la "Fondation Chapelle Klimsenhorn".

En 2002, à l'initiative des PILATUS-BAHNEN, eut lieu une ascension et une visite avec les services cantonaux des bâtiments historiques de Nidwalden. Tous les participants purent se rendre compte du très mauvais état de la chapelle et déterminer les mesures qui s'imposaient pour sa conservation. Après consultation d'un groupe d'experts, le conseil de la fondation conclut qu'une rénovation totale était impérieusement nécessaire. La même année, le conseil de la fondation décida des mesures d'urgence pour éviter l'extension des dégâts.

A noter que dans un ancien registre conservé aux archives cantonales de Nidwalden, la chapelle du Klimsenhorn est mentionnée comme construction d'importance nationale. En septembre 2002, le conseil d'état de Nidwalden décida la mise sous protection définitive de la chapelle et son inscription au registre des monuments historiques.

En 2003 commença la rénovation en profondeur de la chapelle et les travaux furen achevés avant l'hiver. Coût de la rénovation: Fr. 642'000.–.

Le dimanche 8 août 2004, la chapelle rénovée du Klimsensattel, fut à nouveau consacrée par le Père Abbé Müller en présence de nombreux amis du Pilate.

En été 2006 la clôture de la chapelle fut agrandie afin de maintenir une zone de pique-nique propre.

Kapelle Klimsenhorn (unterhalb Pilatus Kulm)